Após criar os pontos 3D Na Região, Nos Vértices ou No Clique, é possível deletá-los facilmente.
Para isso, acesse a aba Elevação e clique em Excluir.
Ao clicar na ferramenta uma janela irá abrir, nela você confirma ou não a exclusão dos pontos 3D. Para excluir os pontos, clique em Sim.
Pronto!
Os pontos, assim como suas respectivas camadas, serão excluídos do projeto.
BOM TRABALHO!